مسجد کوچک مجموعه با گنبد فیروزهای، میزبان مراسم مذهبی و محفلهای قرآنی است.
مسجد گنجعلیخان در شمال شرقی میدان، با محراب کاشیکاری و گنبد فیروزهای، از آرامترین فضاهای مجموعه است. در ماههای محرم و رمضان، محفلهای قرآنی و مراسم مذهبی با پشتیبانی موقوفه در آن برگزار میشود.
